Vuoden 1866 kansakouluasetus määräsi, että "laiminlyödystä vanhempain lasten opetuksesta pitää erikseen huolta pidettämän". Heille oli annettava opetusta vähintään neljänä päivänä viikossa, kaksi tuntia illassa. Kuopiossa näiden lasten opetus tuli esille ohjesäännön uudistamisen yhteydessä vuonna 1876. Johtokunnan asettama toimikunta ehdotti tuolloin iltakoulua laiminlyödyille lapsille ja tähän se halusi sisällyttää myös oppilaat, jotka eivät sopeutuneet normaaliin opetukseen ja jouduttiin erottamaan. Johtokunta ei kuitenkaan halunnut vielä järjestää tälläistä opetusta. Opettajisto ei ollut päätökseen tyytyväinen ja jo seuraavana keväänä he ehdottivat asiaa uudelleen, ja sitä tutkittiinkin. Opetus katsottiin etenkin pojille tarpeelliseksi ja kaupungilta anottiin siihen varoja. Keväällä 1879 opetus voitiin aloittaa. Opetus toimi aluksi iltakoulun nimellä, mutta vuonna 1881 nimi muutettiin laiminlyötyjen poikalasten kouluksi.

Keisarillinen kirje 27.3.1868 edellytti, että Koillis-Suomeen oli perustettava suomenkielinen sokeainkoulu. Lopulliseksi sijoituspaikaksi valittiin Kuopio. Mallia koulun järjestämiseen käytiin ottamassa Keski-Euroopasta asti.

Sokeainkoulu aloitti toimintansa 1.3.1871 Piispantorin varrella olevassa rakennuksessa. Koulun tavoite oli antaa sokeille lapsille taitoja, jotka auttaisivat heitä selviytymään omin neuvoin elämässä. Erityisellä sijalla olivat käsityötaidot. Koulun ensimmäisenä johtajana toimi Karl M. Stenius, joka myös pitkälti ideoi koulun käytännön toiminnan.

Vuodesta 1862 alkaen Kuopiossa toimi myös kuuromykkäinkoulu. Opetusmenetelmiensä puolesta koulua pidettiin edelläkävijänä koko maassa. Opetuksessa otettiin käyttöön moderni puhemetodi aiempien viittomismenetelmien tilalle.

Erityisopetuksessa oli Kuopiossa vuonna 1876 oppilaita 81, vuosisadan vaihteessa jo 173. Tuolloin kaupungissa toimi myös vanhain sokeain koulu, joka toimi iäkkäämpien näkövammaisten ammatilliseksi kouluttamiseksi.

Pahantapaiset lapset erotettiin ensi kerran omaksi ryhmäkseen lukuvuonna 1896-97. Tuolloin heitä lähetettiin maaseudulle perustetun rahaston turvin. Heikkokykyisten oppilaiden kohdalla opetuksen kehitys eteni muiden suurimpien kaupunkien tapaan. Aluksi haluttiin saada tyhmät pois viisaiden tieltä, mutta 1890-luvulla heihin alettiin kiinnittää enemmän huomiota ja Kuopiossa aloitti toisena koko maassa heikkokykyisten luokka lokakuussa 1893. Se toimi alakouluasteisena opettajanaan Ida Hällfors. Pysyvä opetus puuttui kuitenkin vuoteen 1912. Tuolloin aloitettiin apukouluopetus. Valtakunnallisestikin katsottuna heikkolahjaisten opetus oli Kuopiossa korkealla tasolla.