Pertti Kinnunen tuli ylioppilaaksi Kuopion lyseosta vuonna 1952 . Hän valmistui opettajaksi Turusta 1955 ja historian opettajaksi Helsingistä 1962. Haminanlahden kansakoulun opettajana Kinnunen oli vuosina 1955-1968, minkä jälkeen hän toimi Petosen yläaasteen rehtorina vuosina 1968-1993.Koulutyön ohella hän on ollut lukuisien koulutyötä suunnittelelevien toimikuntien jäsenenä ja oppikirjojen tekijänä. Kinnunen on toiminut myös Kuopion seurakuntayhtymän kirkkovaltuuston sekä Ingmannin käsi ja taideteollisuusoppilaitoksen johtokunnan puheenjohtajana. Pertti Kinnuselle myönnettiin opetusneuvoksen arvo vuonna 1993.

Pertti Kinnusen uralle 1960- ja 1970-lukujen vaihde oli koulukokeilujen aikaa. Kuopio siirtyi peruskouluun vuonna 1975. " Se oli polun tekemistä pystymetsään" kuten rehtori Kinnunen on itse sanonut, jota itseään on sanottu Kuopion peruskoulun isäksi. Oma Petosen koulu oli Kuopion ensimmäinen peruskoulun yläaste. Sen toteuttamisessa tarvittiin ennakkoluulottomuutta, sovittelua ja pioneerihenkeä, talkootyötä sekä valmiutta antaa omaa aikaansa. 1980-luku merkitsi koulutyölle parantuneita edellytyksiä, mutta 1990-luvulla monia saavutettuja asioita on Kinnusen mukaan ajettu alas samalla kun päätöksenteko on siirtynyt koulujen tasolle.

Oppilaat pitivät historianopettajaansa ja rehtoriaan "koulun parhaana kinginä", persoona-auktoriteettina, jonka arvovalta perustuu älyyn ja osaamiseen sekä lämpimään ja huumorintajuiseen suhtautumiseen työtovereihin ja oppilaisiin.