Lyseossa on aina toiminut useita kerhoja, joista ehdottomasti vanhin on matematiikan Sigma-kerho, joka edelleenkin toimii aktiivisena ja on hyvin suosittu matematiikasta kiinnostuneiden opiskelijoiden keskuudessa. Sigma-kerhon vetäjinä toimivat useimmiten harrastuspohjalta ansioituneet entiset ja nykyiset Lyseon opiskelijat.
Muuten kerhotoiminnasta päätetään aina vuosittain koulun resursseista riippuen. Tyypillisiä lyseolaisia kerhoja ovat olleet Sigma-kerhon lisäksi tietotekniikan, liikunnan, kuvataiteen, ilmaisutaidon ja valokuvauksen kerhot.
